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Introduction Before performing molecular docking with AutoDock Vina, both the receptor (protein) and ligand (small molecule) structures must be properly prepared. This preparation includes assigning partial atomic charges, adding hydrogen atoms, and defining the flexible bonds of the ligand. AutoDock Vina uses the PDBQT format, which contains atomic coordinates, atom types, partial charges, and information […]

Introduction Molecular docking is a computational method used to predict how small molecules, such as drugs and inhibitors, interact with target proteins. It is widely applied in structure-based drug discovery to investigate protein–ligand interactions, identify potential binding sites, and predict favorable ligand-binding conformations. In this exercise, each student will investigate a different protein–inhibitor pair associated

Inflammatory Bowel Diseases 2022 Sushma Chowdary Maddipatla, Vasantha L. Kolachala, Suresh Venkateswaran, Peng Qiu and Subra Kugathasan Summary 연구 필요성 Crohn’s disease shows considerable heterogeneity in disease progression and treatment response. Bulk transcriptomic studies cannot resolve cell type-specific changes, necessitating single-cell approaches to better understand disease mechanisms. 연구 목적 To characterize cellular composition and transcriptional

(*) This document was generated by ChatGPT based on an outline prepared for the “Markdown for BDSL Laboratory” guide. Introduction Markdown is a lightweight markup language for creating structured documents using plain text. Instead of focusing on the visual appearance of a document, Markdown describes its logical structure through a simple and intuitive syntax. Common

Introduction 대용량 데이터를 임시로 전송하기 위한 방법을 설명합니다. 설명은 파일을 전송하는 사용자(client)와 파일을 수신하는 서버 관리자(server, BDSL)의 역할로 나누어 제공합니다. 본 방법은 rsync와 SSH key 인증을 이용하며, 대용량 파일 전송 중 연결이 중단되더라도 중단된 지점부터 이어서 전송할 수 있습니다. Clinent side 파일을 전송하는 사용자의 설정 및 전송 방법을 설명합니다. I. 시스템 설정 1. WSL을 설치하기

Introdcution RNA sequencing (RNA-seq) measures the abundance of RNA molecules (primarily mRNA) in a biological sample. By mapping sequencing reads to a reference genome, we can estimate gene expression levels based on the number of reads aligned to each gene. Subsequently, differential expression analysis can be performed to identify genes whose expression levels differ significantly

Introduction Library는 명령어나 프로그램의 모음입니다. Alignment를 위한 기능을 미리 구현해 두면 이를 활용하여 서열 정렬을 보다 쉽게 수행할 수 있습니다. 이 예제에서는 Biopython 라이브러리를 이용하여 서열 정렬을 수행하는 과정을 실습합니다. Code Biopython 라이브러리를 사용하기 위해서는 먼저 해당 라이보리에서 특정한 방법을 읽어 와야 합니다. 아래 명령어는 Align이라는 방법을 읽어 오는 명령어입니다. 다음으로 정렬할 서열을 정의 합니다.

Introduction Create R environment and install Seurat using Conda Create an environment for R based single cell transcriptomics analysis (Seurat) Install R Install Seurat package Register interactive R kernel Execute the following command in R to register interactive R kernel. Use JupyterNotebook to execute R