Computation Biochemistry

Introduction ColabFold는 Google Colab 환경에서 AlphaFold2를 수행할 수 있는 기능을 제공한다. Google 계정이 있으면 웹 브라우져를 통해 접근하여 단백질 구조 모델링을 수행할 수 있다. 여기서는 ColabFold를 이용해 단백질 서열을 이용해 구조를 예측하는 실습을 실행하고, 생성된 파일을 분석합니다. ColabFold 1. 접속 ColabFold는 아래 link를 통해 접속합니다. 아래와 같은 JupyterNotebook 화면을 확인할 수 있습니다. 2. 서열 입력

Introduction Modeller는 Andrej Sali 연구실에서 개발된 대표적인 상동 모델링(homology modeling) 도구이다. 본 실습에서는 해당 연구실에서 제공하는 튜토리얼을 통해 단백질 구조 모델링의 전반적인 과정을 학습한다. Tutorial 요약 여기서 연습하는 과장은 아래와 같이 구성되어 있다. Tutorial 각 과정에 대한 자세한 설명은 아래 링크를 참고한다. https://salilab.org/modeller/tutorial/basic.html 여기서는 편의상 해당 tutorial 의 예제에 기반하여, directory 구조만 약간 변형한 예제를

목적 PyMOL을 활용하여 단백질의 구조를 시각화 하는 방법을 배운다. Introduction 단백질은 유전자 발현의 산물로 세포의 분자적 기능의 기본 단위체이며, 단백질의 기능은 입체 구조와 밀접히 관련되어 있다. 단백질의 기능을 분자적 수준에서 이해하기 위해서는 단백질의 입체 구조에 대한 이해가 필요하다. 단백질의 입체 구조 정보는 X-ray crystallography 혹은 NMR과 같은 실험적 기법을 통해 규명할 수 있다. 또한 연구