Classes

Posts related to the classes by Prof. Seungpyo Hong in Jeonbuk National University (JBNU)

Lecture materials will be provided in this category. You need to log in the site for full access of the contents. The students enrolled in classes taught by Prof. Seungpyo Hong will be granted access to the posts.

Molecular Dynamics Simulation

Leave a Comment / Computation Biochemistry, Protein-ligand interaction, Structural Bioinformatics (BDSL), Uncategorized /

Introduction Molecular dynamics (MD) simulation is a computational method for studying the dynamic behavior of biomolecules, including proteins, DNA, and small molecules. It provides insights into molecular motions, interactions, and the mechanisms underlying biological functions. 1. Introduction to Molecular Dynamics Simulation This document introduces the basic principles of molecular dynamics simulation, including how molecular systems […]

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Introduction to Molecular Dynamics Simulation

Leave a Comment / Computation Biochemistry, Structural Bioinformatics (BDSL) /

Introduction Molecular dynamics (MD) simulation is a computational method for investigating the dynamic behavior of molecules, particularly biomolecules such as proteins, nucleic acids, lipids, and their complexes. In an MD simulation, a molecular system is represented as a collection of atoms whose interactions are described using a predefined mathematical model called a force field. The

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Activity for Multiple Sequence Alignment

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Introduction 본 실습에서는 단백질 서열을 수집하고, Multiple Sequence Alignment (MSA)를 수행하여서열 간의 보존 영역(conserved region)과 가변 영역(variable region)을 분석한다. Multiple sequence alignment 수행 실습 디렉토리 구성 유전자의 단백질 서열 획득 진화적으로 연관된 단백질 서열 정보 획득 Query 서열 추가 Multiple sequence alignment using Clustal Omega Multiple sequence alignment 결과 확인 MSA 결과 확인 보존 영역

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Variant calling using GATK

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Introduction Germline and somatic variants can reveal the genetic factors underlying a disease or phenotype. These variants are identified by mapping sequencing reads to a reference genome and detecting differences. However, it is necessary to distinguish disease-associated variants from natural genetic variation, such as single nucleotide polymorphisms (SNPs), which are widely distributed across population rather

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DNA의 3차원 입체 구조

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Introduction DNA 분자의 입체 구조는 생명체가 유전 정보를 어떻게 저장하고 전달하는지를 이해하는 데 분자 수준의 통찰을 제공한다. James Watson과 Francis Crick은 DNA의 이중 나선(double helix) 구조 모델을 제시하였으며, 유전 정보가 adenine, thymine, guanine, cytosine의 선형적인 염기 서열 형태로 기록되어 있음을 설명하였다. 또한, 상보적인 염기쌍 형성 원리를 통해 한 가닥의 염기 서열 정보만으로도 반대 가닥이 재구성될

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Chapter 7. 검토

1 Comment / 졸업논문지도 /

Revision: 논문 검토 및 수정 논문 초안을 작성했다고 해서 논문이 완성된 것은 아닙니다. 초안을 작성한 뒤에는 내용, 논리, 표현, 인용 및 형식을 반복적으로 검토하고 수정하는 과정(Revision)이 필요합니다. Revision의 목적은 단순히 맞춤법이나 문법 오류를 고치는 것이 아닙니다. 연구 질문에 적절하게 답하고 있는지, 주장이 충분한 근거를 가지고 있는지, 내용이 논리적으로 연결되어 있는지를 다시 검토하는 것이 가장 중요합니다.

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