Posts related to the classes by Prof. Seungpyo Hong in Jeonbuk National University (JBNU)
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UPGMA는 종이나 유전자 서열 간의 관계를 계통수로 표현하는 방법이다. 이 활동에서는 해당 알고리즘을 Python 코드로 구현하는 방법을 이해해본다. 또한, BioPython 라이브러리의 UPGMA 및 Neighbor-Joining(NJ) 알고리즘을 이용하여 계통수를 생성하는 과정을 실습한다. 1. UPGMA Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Means (UPGMA)는 서열 간 distance를 이용해 phylogenetic tree를 구성하는 가장 기본적인 방법이다. 본 실습에서는 해당 알고리즘을 어떻게 […]
Activity for Phylogenetic Tree Read More »
The Littlest Jupyter Hub Read More »
수업노트작성 과제 수행에 어려움을 겪는 분들이 많아, 수업노트 작성을 위한 팁을 제공합니다. 효과적인 수업노트작성에 어려움이 있다면, 이 문서의 내용을 참고 해주세요. 목적 분자생물학과 수업의 일차적 목표는 학과 학생들이 생명의 구성요소와 작동원리를 이해할 수 있도록 돕는 것입니다. 그 다음 목표는 학생들이 생물 연구 방법을 이해하고 이를 질병 치료 이나 유용한 물질 생산에 활용하는 방법을 배양하는 것입니다.
1. 소개 평생지도교수제는 입학에서 졸업까지 학업, 생활, 진로, 취업 등 대학 생활 전반에 대해 지도하는 과정입니다. 처음 전북대학교에 오신 여러분들께서 학교에 적응하는 것을 돕는 제도입니다. 이 글은 분자생물학과 조교수 홍승표의 상담을 위한 사항을 포함하고 있습니다. 구체적인 상담은 학과별로, 지도교수님 별로 상이할 수 있습니다. 상담 일정 및 방법에 대해서는 학과 사무실 혹은 지도교수님과 상의하시기 바람니다. 2.
소개 (목적): 생물정보학 중간 과제는 지금까지 학습한 생물정보학 도구를 활용하여 특정 유전자의 기능을 탐색하는 연습을 수행하는 과정입니다. 이를 통해 상동유전자의 개념을 복습하고, 서열 정렬 기반의 데이터베이스 검색 방법인 BLAST, 상동유전자 간의 관계를 분석하는 계통수(phylogenetic tree) 분석, 그리고 하나의 유전자에 존재하는 다양한 기능적 패턴 분석 방법을 학습합니다. 또한 이러한 과정을 통해 수업에서 배운 내용을 종합적으로 복습하고,
Mid-term project – Bioinformatics Read More »
0. JupyterNotebook에서 Markdown code block 만들기 Cell(Block)을 클릭하고, type을 선택 버튼을 클릭한다. Markdown을 선택한다. 1. Markdown 문법 1.1. Headings (제목) Markdown에서는 ‘#’을 문장 맨 앞에 표기하여 제목을 만들 수 있습니다. 1.2. 강조 아래와 같이 ‘**’ 와 ‘*’를 이용하여 단어나 문장을 강조할 수 있다. 1.3. 목록 (순서 없는 목록) ‘*’와 빈칸 한개(space)를 이용하여 순서 없는 목록을
전사인자(transcription factor, TF)는 특정 서열을 지닌 DNA에 결합하여 유전자의 발현을 조절한다. 전사 인자가 결합하는 부위를 transcription factor binding site (TFBS)라고 한다. TFBS는 CHromosome ImmunoPrecipitation (ChIP) 실험을 통해 찾을 수 있다. ChIP는 특정 전사인자를 특이적으로 인지하여 결합하는 항체를 이용하여 전사인자를 농축시키는 실험 방법이다. 이 때 전사인자에 결합되어 있는 genomic DNA도 같이 농축된다. 이렇게 농축된 DNA의 서열을
인체는 다양한 기능을 수행할 수 있는 복잡하면서도 섬세한 개체이다. 음식을 먹고 소화하여 에너지를 얻고, 호흡하여 산소를 얻고 몸 각 부분으로 전달하고, 근육을 움직여 물건을 이동 시킬 수 있으며, 정보를 습득하거나 새로운 지식을 생산할 수 도 있다. 이러한 활동은 인체를 구성하는 각 부분의 유기적인 협력에 의해서 가능하다. 인체 각 부분의 세포에 산소를 공급하는 경우를 생각해보자. 폐
Chapter 1. Drug Discovery and Development Read More »
