Introduction 본 실습에서는 단백질 서열을 수집하고, Multiple Sequence Alignment (MSA)를 수행하여서열 간의 보존 영역(conserved region)과 가변 영역(variable region)을 분석한다. Multiple sequence alignment 수행 실습 디렉토리 구성 유전자의 단백질 서열 획득 진화적으로 연관된 단백질 서열 정보 획득 Query 서열 추가 Multiple sequence alignment using Clustal Omega Multiple sequence alignment 결과 확인 MSA 결과 확인 보존 영역 […]
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Introduction DNA 분자의 입체 구조는 생명체가 유전 정보를 어떻게 저장하고 전달하는지를 이해하는 데 분자 수준의 통찰을 제공한다. James Watson과 Francis Crick은 DNA의 이중 나선(double helix) 구조 모델을 제시하였으며, 유전 정보가 adenine, thymine, guanine, cytosine의 선형적인 염기 서열 형태로 기록되어 있음을 설명하였다. 또한, 상보적인 염기쌍 형성 원리를 통해 한 가닥의 염기 서열 정보만으로도 반대 가닥이 재구성될
UPGMA는 종이나 유전자 서열 간의 관계를 계통수로 표현하는 방법이다. 이 활동에서는 해당 알고리즘을 Python 코드로 구현하는 방법을 이해해본다. 또한, BioPython 라이브러리의 UPGMA 및 Neighbor-Joining(NJ) 알고리즘을 이용하여 계통수를 생성하는 과정을 실습한다. 1. UPGMA Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Means (UPGMA)는 서열 간 distance를 이용해 phylogenetic tree를 구성하는 가장 기본적인 방법이다. 본 실습에서는 해당 알고리즘을 어떻게
Activity for Phylogenetic Tree Read More »
소개 (목적): 생물정보학 중간 과제는 지금까지 학습한 생물정보학 도구를 활용하여 특정 유전자의 기능을 탐색하는 연습을 수행하는 과정입니다. 이를 통해 상동유전자의 개념을 복습하고, 서열 정렬 기반의 데이터베이스 검색 방법인 BLAST, 상동유전자 간의 관계를 분석하는 계통수(phylogenetic tree) 분석, 그리고 하나의 유전자에 존재하는 다양한 기능적 패턴 분석 방법을 학습합니다. 또한 이러한 과정을 통해 수업에서 배운 내용을 종합적으로 복습하고,
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전사인자(transcription factor, TF)는 특정 서열을 지닌 DNA에 결합하여 유전자의 발현을 조절한다. 전사 인자가 결합하는 부위를 transcription factor binding site (TFBS)라고 한다. TFBS는 CHromosome ImmunoPrecipitation (ChIP) 실험을 통해 찾을 수 있다. ChIP는 특정 전사인자를 특이적으로 인지하여 결합하는 항체를 이용하여 전사인자를 농축시키는 실험 방법이다. 이 때 전사인자에 결합되어 있는 genomic DNA도 같이 농축된다. 이렇게 농축된 DNA의 서열을
