Introduction Sequence alignment, which involves aligning two sequences and measuring matches and mismatches of characters, is a way to quantify the similarity between two sequences. The alignment is the procedure of finding two extended sequences with the same length from the two sequences, where an extended sequence is generated by inserting null characters ‘-‘ into […]
Pairwise sequence alignment Read More »
Next generation sequencing (NGS) refers to advanced DNA sequencing methods that enable sequencing of multiple sequences at the same time. Therefore it is often called as massively parallel sequencing. Originally, the term refers methods that determine sequences of a massively large number (thousands, millions, or more) of short DNA sequences, ranging 100~300 bp simultaneously, Recently,
Next generation sequencing (NGS) Read More »
A computer program is a sequence of instructions that can be interpreted and executed by computer. It is written in a programming language that can be interepreted by computer. Python is a high-level programming language, which can be easily interpreted by human. Python interpreter converts the Python code (high-level) into instructions (low-level) the computer can
Python programming (basics) Read More »
리눅스는 원도우즈와 같은 운영체제로, 과학 계산이나 웹 서비스 제공과 같은 용도로 많이 이용된다. 개인 컴퓨터에 설치/사용하기 보다는 다수의 사용자가 사용할 수 있는 서버를 위한 운영체제로 널리 사용된다. 많은 사람들이 MS Windows 환경에 익숙하고, MS windows 소프트웨어 사용에 익숙하다. 따라서 개인 PC에는 윈도우를 설치 활용하고, 연구 작업은 별도의 linux server에 원격 접속하여 사용하는 것이 바람직하다. 원격
Using linux (basic) Read More »
컴퓨터를 이용해 일을 하기 위해서는 컴퓨터에게 일을 시키는 방법을 알아야 합니다. 즉, 컴퓨터가 이해할 수 있는 언어로 명령을 내려야 합니다. 이 명령이 program이고, programming language를 이용하여 작성합니다. BDSL에서는 Python을 주요 언어로 이용합니다. 여기서는 Python 프로그래밍 기술을 학습합니다. 웹에는 프로그램을 배우기 위한 좋은 site가 있으며, 이를 활용하여 Python을 배움니다. 새로운 학습 싸이트나 자료가 있으면 공유 부탁합니다.
Python programming (basic) Read More »
Example of GenBank Flat File format Handling GenBank Flat File Load a .gb file Display information on the sequence Display accession numbers Display sequences
