1. 소개 본 과제는 신약 개발 과정 중 hit discovery 과정에 대해 복습하고, 실제 연구에서 데이터와 deep learning 기반 방법이 어떻게 활용될 수 있는지를 이해하는 것을 목표로 합니다. 특히, 데이터를 수집하고 분석하며, computational 및 AI 기반 방법을 이용해 문제를 해결하는 과정을 직접 경험함으로써 데이터 기반 연구(data-driven research)의 전체 흐름을 이해하는 데 목적이 있습니다. 학생들은 과제 […]
Mid-term project – Deep Learning and Drug Discovery Read More »
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Introduction Pattern은 반복되는 무늬나 서열을 의미한다. DNA 서열과 단백질 서열에는 다양한 종류의 pattern이 존재한다. 생체에서 이러한 패턴이 나타나는 이유는 기능과 밀접히 연관되어 있다. 동일한 transcription factor (TF) 에 의해 발현이 조절되는 유전자의 promoter에는 해당 TF가 인지하고 결합할 수 있는 특정 DNA 서열이 있다. 유사한 기능을 하는 단백질의 경우 해당 기능 수행을 위한 부위가 잘 보존되어
Pattern – Bioinformatics Read More »
UPGMA는 종이나 유전자 서열 간의 관계를 계통수로 표현하는 방법이다. 이 활동에서는 해당 알고리즘을 Python 코드로 구현하는 방법을 이해해본다. 또한, BioPython 라이브러리의 UPGMA 및 Neighbor-Joining(NJ) 알고리즘을 이용하여 계통수를 생성하는 과정을 실습한다. 1. UPGMA Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Means (UPGMA)는 서열 간 distance를 이용해 phylogenetic tree를 구성하는 가장 기본적인 방법이다. 본 실습에서는 해당 알고리즘을 어떻게
Activity for Phylogenetic Tree Read More »
