ENA Submission Guide

• European Nucleotide Archive (ENA)에 실험데이터(FASTQ) 를 제출하는 전체 절차를 설명한다.
• Amplicon 데이터 업로드를 위한 과정을 예시로 설명한다.
• 제출 과정은 크게 두 단계로 구성된다:
  1. 메타데이터 등록 — Study, Sample 정보 입력
  2. FASTQ 업로드 및 등록 — Run 정보 입력 및 파일 제출

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1. 계정 생성

1. 접속
   • ENA Webin Login
2. “Register” 선택
3. 필수 필드 입력
   • Abbreviated center name: 약칭 (예: JBNU-BDSL)
   • Full center name: 전체 기관명 (예: Jeonbuk National University Bio-Data Science Lab)
   • Contact information: 대표 이메일 주소 입력 (공식 연락용)
4. 승인 대기
   • Center name 등의 등록이 완료되기까지 최대 하루 정도 소요
     • FASTQ 파일 업로드 등의 과정에서 오류가 발생할 수 있음
     • Abbreivated center name 업데이트 후 하루 동안 대기하는 것을 추천함
   • Test 서버 정보는 매일 정오(12:00 UTC) 에 동기화 및 초기화됨

💡 참고: 계정이 승인되면 “Webin ID” (예: Webin-XXXXXX) 형태의 사용자명이 발급되며,
이후 모든 CLI 또는 웹 제출 시 인증용으로 사용된다.

2. 입력 절차 개요

• ENA에는 Test 서버와 Production 서버가 존재한다.
• Test 서버의 데이터는 24시간마다 초기화되어 삭제된다.
• 모든 절차를 먼저 Test 서버에서 검증 후, Production 서버에서 동일하게 반복한다.
  • Test 서버에서 성공적으로 제출된 Template TSV를 이용하여 production 서버에서 submission을 진행한다.
• FASTQ 업로드는 한 번만 수행하면 된다 (Test 서버에서는 파일 업로드 불필요).

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3. Study 등록

1. 접속
   • Test: https://wwwdev.ebi.ac.uk/ena/submit/webin/login
   • Production: https://www.ebi.ac.uk/ena/submit/webin/
2. “Register Study” 선택
3. Study 정보 입력
   • Study Name: 프로젝트명 (예: SNUH-IBD)
   • Release date: 공개일 설정 (예: 2026-12-31)
   • Study Description: 연구 개요 입력
4. 등록 결과 확인
   • “Study Report” 에서 결과 확인
   • 발급된 Study Accession (예: PRJEBxxxx) 기록

💡 Study Accession은 이후 Sample 및 Run 제출 시 반드시 필요하다.

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4. Sample 등록

1. 접속
   • Test: https://wwwdev.ebi.ac.uk/ena/submit/webin/login
   • Production: https://www.ebi.ac.uk/ena/submit/webin/
2. Template 다운로드
   • “Register Samples” → “Download spreadsheet to register samples”
   • “Environmental Checklists” → “GSC MIxS human gut” 선택
   • “Download TSV” 클릭하여 템플릿 다운로드
3. TSV 파일 편집
   • 상단 3행(#units 로 시작하는 행까지)은 그대로 유지하고, 아래에 새로운 행 추가
   • 주요 컬럼 입력: 하단 테이블 참고
4. Sample 등록
   • “Upload filled spreadsheet to register samples” 선택 후 TSV 업로드
5. 등록 결과 확인
   • “Sample Report” 에서 결과 확인

컬럼명	설명
tax_id	Taxonomy id (예: 408170)
project name	Study 이름 (예: SNUH-IBD)
sample_alias	고유 샘플 ID (예: Sample_1)
sample_title	샘플에 대한 간단 설명
collection date	날짜 (예: 2025-10-17)
geographic location (latitude)	위도 (예: 37.5665)
geographic location (longitude)	경도 (예: 126.978)
broad-scale environmental context	환경정보 (예: host-associated)
local environmental context	환경정보 (예: human-associated habitat)
environmental medium	환경정보 (예: feces)
geographic location (country and/or sea)	국가 (예: South Korea)

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5. Run 등록 및 FASTQ 업로드

5.1 Run 정보 준비

1. 접속
   • Test: https://wwwdev.ebi.ac.uk/ena/submit/webin/login
   • Production: https://www.ebi.ac.uk/ena/submit/webin/
2. Template 다운로드
   • “Read Submission” → “Download spreadsheet template for Read submission”
   • “Submit paired reads using two Fastq files” 선택
   • “Download TSV” 클릭
3. TSV 파일 편집
   • 주요 컬럼: 하단 테이블 참고
   • 값의 유효성은 공식 문서 참고
     🔗 ENA Read Submission Docs

sample	등록된 sample_alias (예: Sample_1)
study	Study Accession (예: PRJEB12345)
instrument_model	예: Illumina MiSeq
library_name	예: amplicon_16S
library_source	예: METAGENOMIC
library_selection	예: PCR
library_strategy	예: AMPLICON
library_layout	예: PAIRED
forward_file_name	예: Sample_1_R1.fastq.gz
reverse_file_name	예: Sample_1_R2.fastq.gz

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5.2 FASTQ 파일 준비 및 업로드

1. FASTQ 파일 정리
   • 업로드할 FASTQ 파일을 별도의 폴더에 정리
   • 파일 이름은 TSV에 입력한 이름과 반드시 일치해야 함
2. Webin File Uploader 실행
   • 다운로드: WebinUploader.jnlp
   • 실행: JNLP 파일을 더블클릭
   • 실행이 되지 않을 경우 OpenWebStart 설치
3. 업로드 진행
   • WebinUploader 실행 후 FASTQ 폴더 선택 → 업로드 수행

5.3 Run Submission

1. 모든 파일의 업로드가 완료되면 Run을 등록한다.
2. ENA 웹 포털에 접속한다.
   • Test: https://wwwdev.ebi.ac.uk/ena/submit/webin/login
   • Production: https://www.ebi.ac.uk/ena/submit/webin/
3. 상단 메뉴에서 “Submit Reads” 선택
4. “Upload filled spreadsheet template for Read submission” 클릭
5. 작성 완료된 Run 정보 TSV 파일을 선택하여 업로드
6. 제출이 완료되면 “Read Report” 또는 “Run Report” 페이지에서 상태를 확인한다.
   • 정상적으로 등록되면 Run Accession (예: ERRxxxxxx) 이 발급된다.

💡 Tip:
등록이 완료된 Run은 Study와 Sample에 자동으로 연결되며,
공개일은 Study의 Release date 설정에 따라 자동 반영된다.