I. 소개 연구 데이터 공유를 위해 자체 cloud 시스템을 이용해 파일을 공유하고자 합니다. 데이터 공유를 위해 계정 하나를 이용하는 방법과 기관별 계정을 이용하는 방법을 생각했습니다. 두 가지 방법을 테스트 해보고 최종 데이터 공유 방법을 결정하면 좋을 것 같습니다. 동작원리 ownCloud라는 open source 프로그램을 이용하며, 이 프로그램은 server program과 client program으로 구성됩니다. 사용자가 컴퓨터에 client를 설치하면, […]
ownCloud 기반 연구 데이터 공유 Read More »
1. Introduction to Single-Cell RNA-seq Read More »
Introduction A microbiome is a collection of microbes, such as bacteria, fungi, and viruses, residing in a habitat. It may also refer to the complete set of genes and metabolites possessed and produced by these microorganisms. The environment, including available food sources, shapes the structure of the microbiome. In turn, complex interactions among the microbes
Introduction ChEMBL database를 활용하기 위해서는 여려 테이블에 흩어져 있는 정보를 통합해야 한다. SQL 명령어를 이용해 이러한 작업이 가능하다. 여기에서는 간단한 예제를 통해 ChEMBL에서 데이터를 획득하는 방법을 연습한다. 특히, Python을 이용해 프로그램을 통한 데이터베이스 활용 방법을 실습한다. 아래의 링크에서 ChEMBL에서 SQL 명령어를 참고할 수 있다. Oracle 기반이므로 MySQL을 이용하기 위해서는 약간의 수정이 필요하다. https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/frequently-asked-questions/schema-questions-and-sql-examples Example 1
Introduction LEfSe (Linear discriminant analysis Effect Size)는 통계 분석을 통해 특정 class와 관련있는 feature를 찾는 방법이다. Conda를 이용해 간단하게 설치할 수 있어야 하나, library version 차이로 인해 설치가 원활히 되지 않는 경우가 발생한다. 여기서는 Installation (conda) 아래 명령어 실행을 통해 LEfSe를 설치한다. 다만, 아래 설치는 매우 제한적인 시스템에서 테스트한 결과로, 일부 시스템에서는 정상적으로 설치되지 않을
Installation of LEfSe Read More »
목표 프로그램의 개념을 이해한다. 질문 소개 프로그램은 특정한 행동 혹은 명령어의 나열이라고 할 수 있다. 쉬운예로, TV 프로그램을 생각해 보자. (1) 프로그램이 시작하면, (2) 진행자가 시청자에게 인사를 하고, (3) 게스트를 소개하고, (4) 게스트가 어떤 행동을 하고, (5) 다음 게스트를 소개하고, (6) 다음 게스트는 또 다른 행동을 한다. 마지막으로 (7) 진행자는 시청자에게 인사를 하고, 프로그램을 종료한다.
