UPGMA는 종, 유전자 서열 등의 관계를 계통수로 표현하는 방법이다. 이 activity에서는 이 방법을 Python code로 전환하는 방법에 대해 생각해본다. 그리고, BioPython library의 UPGMA code를 이용하여 UPGMA, NJ tree를 그리는 과정을 실습한다. 1. UPGMA Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Means (UPGMA)는 서열 간 distance를 이용해 phylogenetic tree를 구성하는 방법이다. Algorithm (합쳐지는 대상이 2개 이상의 서열을 […]
Activity for Phylogenetic Tree Read More »
소개 생물정보학 중간 과제는 학습한 생물정보학 방법을 활용하여 유전자의 기능을 탐색하는 연구 과제입니다. 연구 시작 전 terminal 창에서 다음 명령을 실행해 필요한 파일을 복사합니다. MidTermProject 폴더에는 I.ResearchNote.ipynb와 II.Report.ipynb 2개의 JupyterNotebook 파일이 있습니다. I.ResearchNote.ipynb에는 연구 과정에서 수집한 정보를 기록하고, II.Report.ipynb 에는 연구 수행 완료 결과를 정리하여 기록합니다. I. 과제 진행 연구 과제를 진행하면서 수집한 정보들을 I.ResearchNote.ipynb에
Mid-term project – Bioinformatics Read More »
전사인자(transcription factor, TF)는 특정 서열을 지닌 DNA에 결합하여 유전자의 발현을 조절한다. 전사 인자가 결합하는 부위를 transcription factor binding site (TFBS)라고 한다. TFBS는 CHromosome ImmunoPrecipitation (ChIP) 실험을 통해 찾을 수 있다. ChIP는 특정 전사인자를 특이적으로 인지하여 결합하는 항체를 이용하여 전사인자를 농축시키는 실험 방법이다. 이 때 전사인자에 결합되어 있는 genomic DNA도 같이 농축된다. 이렇게 농축된 DNA의 서열을
