Posts related to the classes by Prof. Seungpyo Hong in Jeonbuk National University (JBNU)
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UPGMA는 종, 유전자 서열 등의 관계를 계통수로 표현하는 방법이다. 이 activity에서는 이 방법을 Python code로 전환하는 방법에 대해 생각해본다. 그리고, BioPython library의 UPGMA code를 이용하여 UPGMA, NJ tree를 그리는 과정을 실습한다. 1. UPGMA Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Means (UPGMA)는 서열 간 distance를 이용해 phylogenetic tree를 구성하는 방법이다. Algorithm (합쳐지는 대상이 2개 이상의 서열을 […]
Activity for Phylogenetic Tree Read More »
The Littlest Jupyter Hub Read More »
수업노트작성 과제 수행에 어려움을 겪는 분들이 많아, 수업노트 작성을 위한 팁을 제공합니다. 효과적인 수업노트작성에 어려움이 있다면, 이 문서의 내용을 참고 해주세요. 목적 분자생물학과 수업의 일차적 목표는 학과 학생들이 생명의 구성요소와 작동원리를 이해할 수 있도록 돕는 것입니다. 그 다음 목표는 학생들이 생물 연구 방법을 이해하고 이를 질병 치료 이나 유용한 물질 생산에 활용하는 방법을 배양하는 것입니다.
1. 소개 평생지도교수제는 입학에서 졸업까지 학업, 생활, 진로, 취업 등 대학 생활 전반에 대해 지도하는 과정입니다. 처음 전북대학교에 오신 여러분들께서 학교에 적응하는 것을 돕는 제도입니다. 이 글은 분자생물학과 조교수 홍승표의 상담을 위한 사항을 포함하고 있습니다. 구체적인 상담은 학과별로, 지도교수님 별로 상이할 수 있습니다. 상담 일정 및 방법에 대해서는 학과 사무실 혹은 지도교수님과 상의하시기 바람니다. 2.
소개 생물정보학 중간 과제는 학습한 생물정보학 방법을 활용하여 유전자의 기능을 탐색하는 연구 과제입니다. 연구 시작 전 terminal 창에서 다음 명령을 실행해 필요한 파일을 복사합니다. MidTermProject 폴더에는 I.ResearchNote.ipynb와 II.Report.ipynb 2개의 JupyterNotebook 파일이 있습니다. I.ResearchNote.ipynb에는 연구 과정에서 수집한 정보를 기록하고, II.Report.ipynb 에는 연구 수행 완료 결과를 정리하여 기록합니다. I. 과제 진행 연구 과제를 진행하면서 수집한 정보들을 I.ResearchNote.ipynb에
Mid-term project – Bioinformatics Read More »
0. JupyterNotebook에서 Markdown code block 만들기 Cell(Block)을 클릭하고, type을 선택 버튼을 클릭한다. Markdown을 선택한다. 1. Markdown 문법 1.1. Headings (제목) Markdown에서는 ‘#’을 문장 맨 앞에 표기하여 제목을 만들 수 있습니다. 1.2. 강조 아래와 같이 ‘**’ 와 ‘*’를 이용하여 단어나 문장을 강조할 수 있다. 1.3. 목록 (순서 없는 목록) ‘*’와 빈칸 한개(space)를 이용하여 순서 없는 목록을
전사인자(transcription factor, TF)는 특정 서열을 지닌 DNA에 결합하여 유전자의 발현을 조절한다. 전사 인자가 결합하는 부위를 transcription factor binding site (TFBS)라고 한다. TFBS는 CHromosome ImmunoPrecipitation (ChIP) 실험을 통해 찾을 수 있다. ChIP는 특정 전사인자를 특이적으로 인지하여 결합하는 항체를 이용하여 전사인자를 농축시키는 실험 방법이다. 이 때 전사인자에 결합되어 있는 genomic DNA도 같이 농축된다. 이렇게 농축된 DNA의 서열을
인체는 다양한 기능을 수행할 수 있는 복잡하면서도 섬세한 개체이다. 음식을 먹고 소화하여 에너지를 얻고, 호흡하여 산소를 얻고 몸 각 부분으로 전달하고, 근육을 움직여 물건을 이동 시킬 수 있으며, 정보를 습득하거나 새로운 지식을 생산할 수 도 있다. 이러한 활동은 인체를 구성하는 각 부분의 유기적인 협력에 의해서 가능하다. 인체 각 부분의 세포에 산소를 공급하는 경우를 생각해보자. 폐
Chapter 1. Drug Discovery and Development Read More »
