sphong

Assistant professor Department of Molecular Biology Jeonbuk National University

Seungpyo Hong

PostgreSQL

PostgreSQL is an open source database management software widely used in scientific researches. This post describe basic usage of PostgreSQL. This includes how to install PostgreSQL in Ubuntu (linux) system, create a user and a database, and use Python (psycopg2) interface. 1. Installation Installation in Ubuntu Administrator account PostgreSQL installation create a administrator account, postgres. […]

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SQL – Language for Database managmeent

Introduction Structured Query Language (SQL) is a standardized language designed for three key database operations: (1) defining database structures, (2) manipulating data, and (3) retrieving data from databases. SQL facilitates interaction with Database Management Systems (DBMS), which are responsible for data storage, management, and retrieval. These systems, such as MySQL, Oracle, and Microsoft SQL Server,

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ownCloud 기반 연구 데이터 공유

I. 소개 연구 데이터 공유를 위해 자체 cloud 시스템을 이용해 파일을 공유하고자 합니다. 데이터 공유를 위해 계정 하나를 이용하는 방법과 기관별 계정을 이용하는 방법을 생각했습니다. 두 가지 방법을 테스트 해보고 최종 데이터 공유 방법을 결정하면 좋을 것 같습니다. 동작원리 ownCloud라는 open source 프로그램을 이용하며, 이 프로그램은 server program과 client program으로 구성됩니다. 사용자가 컴퓨터에 client를 설치하면,

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수업노트작성

수업노트작성 과제 수행에 어려움을 겪는 분들이 많아, 수업노트 작성을 위한 팁을 제공합니다. 효과적인 수업노트작성에 어려움이 있다면, 이 문서의 내용을 참고 해주세요. 목적 분자생물학과 수업의 일차적 목표는 학과 학생들이 생명의 구성요소와 작동원리를 이해할 수 있도록 돕는 것입니다. 그 다음 목표는 학생들이 생물 연구 방법을 이해하고 이를 질병 치료 이나 유용한 물질 생산에 활용하는 방법을 배양하는 것입니다.

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Microbiome

Introduction A microbiome is a collection of microbes, such as bacteria, fungi, and viruses, residing in a habitat. It may also refer to the complete set of genes and metabolites possessed and produced by these microorganisms. The environment, including available food sources, shapes the structure of the microbiome. In turn, complex interactions among the microbes

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ChEMBL SQL

Introduction ChEMBL database를 활용하기 위해서는 여려 테이블에 흩어져 있는 정보를 통합해야 한다. SQL 명령어를 이용해 이러한 작업이 가능하다. 여기에서는 간단한 예제를 통해 ChEMBL에서 데이터를 획득하는 방법을 연습한다. 특히, Python을 이용해 프로그램을 통한 데이터베이스 활용 방법을 실습한다. 아래의 링크에서 ChEMBL에서 SQL 명령어를 참고할 수 있다. Oracle 기반이므로 MySQL을 이용하기 위해서는 약간의 수정이 필요하다. https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/frequently-asked-questions/schema-questions-and-sql-examples Example 1

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