이 문서는 docker 공식 싸이트를 참고해 작성하였다 (https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/). (optional) 이전 버전 docker 지우기 오래된 docker engine이 있는 경우, 아래 명령을 통해 삭제한다. 1. Installation 1.1. Set-up repository Docker engine은 docker hub (repository)을 통해 다른 개발자가 만든 docker image를 활용할 수 있다. 이를 위해 docker engine 설치에 앞서, repository 접근 설정이 필요하다. Install prerequisite packages for […]
Introduction Docker는 프로그램 설치와 배포를 도와주는 platform이다. 하나의 컴퓨터에 독립적인 공간을 만드는 기술이다. 일종의 가상의 컴퓨터를 만드는 것으로 생각할 수도 있다. 다만, CPU와 memory 등의 자원은 원래 컴퓨터와 공유한다는 특징이 있다. Python 환경 관리를 넘어서, 시스템의 환경 까지 관리해야 할 경우 docker가 유용하게 사용될 수 있다. Docker image를 공유함으로써 프로그램을 개발한 환경과 거의 동일한 환경을
Introduction Microbimoe은 환경 안에 존재하는 미생물 전체를 의미한다. 미생물 간 상호작용 및 미생물과 환경의 상호작용 연구를 통해, microbiome의 기능을 연구할 수 있다. 특히 사람의 장 혹은 피부 등에 서식하는 미생물이 인체의 건강과 질병에 미치는 영향이 활발하게 연구되고 있다. 이러한 연구를 위해서는 미생물에 대한 데이터를 획득해야 하는데, 두 가지 NGS 실험 방법이 널리 이용된다. Amplicon sequencing은
Tutorial – Microbiome Analysis (amplicon sequencing) Read More »
Introduction Anaconda는 Python 기반의 과학 계산 및 데이터 분석을 위한 통합 플랫폼으로, conda 환경 관리 도구를 통해 NumPy, SciPy 등 다양한 패키지를 손쉽게 설치하고 관리할 수 있다. 이러한 장점으로 인해 연구 및 개발 과정에서 필요한 과학 계산 프로그램을 효율적으로 운용하는 데 널리 활용되고 있다. 본 장에서는 환경(environment)의 개념, Anaconda 설치 방법, 그리고 새로운 환경을 생성하고
1. 소개 평생지도교수제는 입학에서 졸업까지 학업, 생활, 진로, 취업 등 대학 생활 전반에 대해 지도하는 과정입니다. 처음 전북대학교에 오신 여러분들께서 학교에 적응하는 것을 돕는 제도입니다. 이 글은 분자생물학과 조교수 홍승표의 상담을 위한 사항을 포함하고 있습니다. 구체적인 상담은 학과별로, 지도교수님 별로 상이할 수 있습니다. 상담 일정 및 방법에 대해서는 학과 사무실 혹은 지도교수님과 상의하시기 바람니다. 2.
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소개 (목적): 생물정보학 중간 과제는 지금까지 학습한 생물정보학 도구를 활용하여 특정 유전자의 기능을 탐색하는 연습을 수행하는 과정입니다. 이를 통해 상동유전자의 개념을 복습하고, 서열 정렬 기반의 데이터베이스 검색 방법인 BLAST, 상동유전자 간의 관계를 분석하는 계통수(phylogenetic tree) 분석, 그리고 하나의 유전자에 존재하는 다양한 기능적 패턴 분석 방법을 학습합니다. 또한 이러한 과정을 통해 수업에서 배운 내용을 종합적으로 복습하고,
Mid-term project – Bioinformatics Read More »
0. JupyterNotebook에서 Markdown code block 만들기 Cell(Block)을 클릭하고, type을 선택 버튼을 클릭한다. Markdown을 선택한다. 1. Markdown 문법 1.1. Headings (제목) Markdown에서는 ‘#’을 문장 맨 앞에 표기하여 제목을 만들 수 있습니다. 1.2. 강조 아래와 같이 ‘**’ 와 ‘*’를 이용하여 단어나 문장을 강조할 수 있다. 1.3. 목록 (순서 없는 목록) ‘*’와 빈칸 한개(space)를 이용하여 순서 없는 목록을
전사인자(transcription factor, TF)는 특정 서열을 지닌 DNA에 결합하여 유전자의 발현을 조절한다. 전사 인자가 결합하는 부위를 transcription factor binding site (TFBS)라고 한다. TFBS는 CHromosome ImmunoPrecipitation (ChIP) 실험을 통해 찾을 수 있다. ChIP는 특정 전사인자를 특이적으로 인지하여 결합하는 항체를 이용하여 전사인자를 농축시키는 실험 방법이다. 이 때 전사인자에 결합되어 있는 genomic DNA도 같이 농축된다. 이렇게 농축된 DNA의 서열을
