sphong

Assistant professor Department of Molecular Biology Jeonbuk National University

Seungpyo Hong

MobaXterm 설치와 서버 접속

Introduction MobaXterm은 SSH client로 리눅스 시스템에 원격 접속하기 위해 사용할 수 있는 프로그램이다.다음 URL을 통해 홈페이지에 접속할 수 있으며 설치 프로그램을 받을 수 있다 (https://mobaxterm.mobatek.net/). 개인적 활용시 Home Edition을 이용하여 무료로 사용할 수 있다. 설치 프로그램 받기 아래 URL에서 “Home Edition” 버전을 받는다. (Download now) https://mobaxterm.mobatek.net/download.html (참고) 개인 컴퓨터에 설치하는 경우 installer edition를 설치한다. 공용

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SNUH data curation

요약 임상 데이터의 체계적 수집 및 관리를 위해 데이터를 재구성하였습니다. 1개의 표에 모든 정보를 기록하고 있던 기존 데이터 수집 체계를 5개의 excel 파일, 18개의 table로 분리하였고, 기존 자료 (2024년 6월 28일 기준) 내용을 입력하였습니다. 비슷한 의미를 지닌 단위를 데이터를 분류하여, 각각의 데이터를 쉽게 관리하는 것이 목적입니다. 데이터 관리 측면에서는 출력 (fetch), 입력 (insert), 수정 (update),

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Understanding the Concept of Statistics Through Examples

Library loading and functions RNA expression and protein expression Measure of the concentration of the protein X Interepretation A Statistic: A Single Number that Represents the Data Simple Evaluation Random Incidences 0.5148158483005283-0.68221888442359540.43813562081717283-0.24953267639975260.10300182994047037 Statistical Inference P-value Statistical inference

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Mid-term project – Deep Learning and Drug Discovery

소개 딥러닝과 신약개발 수업 중간 고사 대체 프로젝트입니다. 문헌 조사를 통해 질병이 어떻게 발생하는지 조사하고, 약물 타겟을 찾습니다. 해당 약물 타겟에 결합하는 약물 정보를 ChEMBL에서 찾고 타겟 결합 화합물 데이터셋을 구성합니다. 타겟 결합 예측 deep learning model을 만들고, 타겟 결합 화합물 데이터셋을 이용해 훈련시켜 타겟 결합 약물 예측 모델을 구성합니다. 예측 모델을 화합물 데이터베이스에 적용하여

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Pattern – Bioinformatics

Introduction Pattern은 반복되는 무늬나 서열을 의미한다. DNA 서열과 단백질 서열에는 다양한 종류의 pattern이 존재한다. 생체에서 이러한 패턴이 나타나는 이유는 기능과 밀접히 연관되어 있다. 동일한 transcription factor (TF) 에 의해 발현이 조절되는 유전자의 promoter에는 해당 TF가 인지하고 결합할 수 있는 특정 DNA 서열이 있다. 유사한 기능을 하는 단백질의 경우 해당 기능 수행을 위한 부위가 잘 보존되어

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Activity for Phylogenetic Tree

UPGMA는 종, 유전자 서열 등의 관계를 계통수로 표현하는 방법이다. 이 activity에서는 이 방법을 Python code로 전환하는 방법에 대해 생각해본다. 그리고, BioPython library의 UPGMA code를 이용하여 UPGMA, NJ tree를 그리는 과정을 실습한다. 1. UPGMA Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Means (UPGMA)는 서열 간 distance를 이용해 phylogenetic tree를 구성하는 방법이다. Algorithm (합쳐지는 대상이 2개 이상의 서열을

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