BDSL Archives - Page 11 of 14 - Biomedical Data Science Laboratory

이 문서는 docker 공식 싸이트를 참고해 작성하였다 (https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/). (optional) 이전 버전 docker 지우기 오래된 docker engine이 있는 경우, 아래 명령을 통해 삭제한다. 1. Installation 1.1. Set-up repository Docker engine은 docker hub (repository)을 통해 다른 개발자가 만든 docker image를 활용할 수 있다. 이를 위해 docker engine 설치에 앞서, repository 접근 설정이 필요하다. Install prerequisite packages for

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Docker

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Introduction Docker는 프로그램 설치와 배포를 도와주는 platform이다. 하나의 컴퓨터에 독립적인 공간을 만드는 기술이다. 일종의 가상의 컴퓨터를 만드는 것으로 생각할 수도 있다. 다만, CPU와 memory 등의 자원은 원래 컴퓨터와 공유한다는 특징이 있다. Python 환경 관리를 넘어서, 시스템의 환경 까지 관리해야 할 경우 docker가 유용하게 사용될 수 있다. Docker image를 공유함으로써 프로그램을 개발한 환경과 거의 동일한 환경을

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Tutorial – Microbiome Analysis (amplicon sequencing)

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Introduction Microbimoe은 환경 안에 존재하는 미생물 전체를 의미한다. 미생물 간 상호작용 및 미생물과 환경의 상호작용 연구를 통해, microbiome의 기능을 연구할 수 있다. 특히 사람의 장 혹은 피부 등에 서식하는 미생물이 인체의 건강과 질병에 미치는 영향이 활발하게 연구되고 있다. 이러한 연구를 위해서는 미생물에 대한 데이터를 획득해야 하는데, 두 가지 NGS 실험 방법이 널리 이용된다. Amplicon sequencing은

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Anaconda

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Introduction Anaconda는 Python 기반의 과학 계산 및 데이터 분석을 위한 통합 플랫폼으로, conda 환경 관리 도구를 통해 NumPy, SciPy 등 다양한 패키지를 손쉽게 설치하고 관리할 수 있다. 이러한 장점으로 인해 연구 및 개발 과정에서 필요한 과학 계산 프로그램을 효율적으로 운용하는 데 널리 활용되고 있다. 본 장에서는 환경(environment)의 개념, Anaconda 설치 방법, 그리고 새로운 환경을 생성하고