Introduction LEfSe (Linear discriminant analysis Effect Size)는 통계 분석을 통해 특정 class와 관련있는 feature를 찾는 방법이다. Conda를 이용해 간단하게 설치할 수 있어야 하나, library version 차이로 인해 설치가 원활히 되지 않는 경우가 발생한다. 여기서는 Installation (conda) 아래 명령어 실행을 통해 LEfSe를 설치한다. 다만, 아래 설치는 매우 제한적인 시스템에서 테스트한 결과로, 일부 시스템에서는 정상적으로 설치되지 않을 […]
Installation of LEfSe Read More »
소개 데이터 분석을 통해 생명 현상을 연구하고 싶으신 분들이나, 해당 연구를 위한 도구 개발에 관심이 있으신 분들을 환영합니다. 의생명 데이터 과학 실험실(BDSL)에서 같이 연구할 대학원생을 모집하고 있습니다. 생물정보학 연구에 관심 있으신 분들은 저희 연구실에서 진행하고 있는 연구에 대해 살펴보시고, 관심 있으시면 지원 부탁드립니다. 생명 현상에 대해 관심이 있으시면서 동시에 데이터 분석과 같은 전산적 방법론에 관심이
Human subject data Read More »
Introduction 사실에 대한 기록을 data(데이터)라 한다. 기록하는 값에 따라 데이터의 type(형태)를 구분할 수 있으나, 그 구분은 목적에 따라 달라지게 된다. 통계 혹은 데이터 과학 분석을 위해서는 continuous value 인지 discrete 값인지 분류가 중요하다. Programming language에서는 데이터를 저장하는 형태에 따라 integer, float, string 등의 데이터 타입이 존재한다. 개별 통계 분석 방법은 데이터의 성질과 밀접히 관련되어 있다.
Data type (statistics) Read More »
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Introduction ChEMBL은 생리활성분자(bioactive molecules) 데이터베이스로, 화합물(chemical), 생리활성(bioactivity), 유전정보(genomic data)를 종합한 데이터베이스이다. 2023년 8월 기준, 240만개의 화합물, 160만개의 실험 정보, 1만5천개의 타겟 정보가 저장되어 있다. 웹 인터페이스 이용 1. 접근 데이터베이스는 URL을 통해 웹으로 접근할 수 있다. https://www.ebi.ac.uk/chembl/ 2. Target (단백질)에 결합하는 화합물 검색 ChEMBL에서 특정 target (단백질)에 대한 정보를 검색할 수 있다. 2.1. 키워드를 이용함
