Alignment using a library

Introduction

Library는 명령어나 프로그램의 모음입니다. Alignment를 위한 기능을 미리 구현해 두면 이를 활용하여 서열 정렬을 보다 쉽게 수행할 수 있습니다. 이 예제에서는 Biopython 라이브러리를 이용하여 서열 정렬을 수행하는 과정을 실습합니다.

Code

Biopython 라이브러리를 사용하기 위해서는 먼저 해당 라이보리에서 특정한 방법을 읽어 와야 합니다. 아래 명령어는 Align이라는 방법을 읽어 오는 명령어입니다.

from Bio import Align

다음으로 정렬할 서열을 정의 합니다. 아래 예제에서는 서열 s와 t를 정의합니다.

s = "ACGC"
t = "GACTAC"

Align 모듈에서 pairwise alignment를 수행하는 객체를 생성합니다. 이 객체는 서열 정렬을 수행하는 프로그램 또는 연산자와 같은 역할을 합니다.

aligner = Align.PairwiseAligner()

두 서열을 입력하여 서열 정렬을 수행합니다. 그리고, 그 결과 생성된 서열 정렬 결과를 alignment에 저장합니다.

alignment = aligner.align(s, t)

서열 정렬 결과를 출력합니다. 최적의 서열 정렬 결과는 여러 개일 수 있습니다. for 구문을 이용하여 모든 최적 서열 결과를 출력합니다.

for aln in alignment:
    print('Alignment score:', aln.score)
    print(aln)