October 2023

Introduction A microbiome is a collection of microbes, such as bacteria, fungi, and viruses, residing in a habitat. It may also refer to the complete set of genes and metabolites possessed and produced by these microorganisms. The environment, including available food sources, shapes the structure of the microbiome. In turn, complex interactions among the microbes […]

Introduction ChEMBL database를 활용하기 위해서는 여려 테이블에 흩어져 있는 정보를 통합해야 한다. SQL 명령어를 이용해 이러한 작업이 가능하다. 여기에서는 간단한 예제를 통해 ChEMBL에서 데이터를 획득하는 방법을 연습한다. 특히, Python을 이용해 프로그램을 통한 데이터베이스 활용 방법을 실습한다. 아래의 링크에서 ChEMBL에서 SQL 명령어를 참고할 수 있다. Oracle 기반이므로 MySQL을 이용하기 위해서는 약간의 수정이 필요하다. https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/frequently-asked-questions/schema-questions-and-sql-examples Example 1