소개
PyMol은 단백질과 같은 분자의 3차원 구조를 시각화하는 도구이다. PyMol은 Schrondinger (https://www.schrodinger.com/products/pymol)에서 유료로 사용할 수 있는 프로그램이나, open source version도 존재하며, 여기서는 Open Source version 설치 방법을 소개한다.
1. Anaconda 설치
Window에서 PyMol을 사용하기 위해서 환경 관리 프로그램인 anaconda를 설치한다. 이미 컴퓨터에 설치가 되어 있다면, 다음 단계로 넘어간다.
다운로드 URL: https://www.anaconda.com/download
2. PyMol 설치하기
2.1. PyMol 설치파일 받기
Christoph Gohlke 연구실에서 PyMol 설치 파일을 받는다.
2.1.1. 아래 링크에 접속한다.
https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol-open-source
2.1.2. 아래 2개의 파일을 찾아서 “다운로드” directory에 받는다.
- pymol_launcher‑2.5‑cp311‑cp311‑win_amd64.whl
- pymol‑2.6.0a0‑cp311‑cp311‑win_amd64.whl
2.2. PyMol 환경 만들고 설치하기
2.2.1. PyMol 환경 만들기
“Anaconda Prompt”를 실행시키고, 아래 명령어 실행을 통해 PyMol을 위한 환경을 만든다. 이 명령어는 PyMol 실행을 위한 다양한 프로그램을 설치한다.
conda create -n pymol
conda activate pymol
conda install -c conda-forge pip numpy pmw2.2.2. PyMol 설치하기
pymol 환경이 활성화된 상태에서 아래 명령어를 수행한다. (위 명령어 수행 직후라면, 이마 pymol 환경이 활성화 되어 있다.)
cd %USERPROFILE%/Downloads
pip install --no-index --find-links="%CD%" pymol_launcher-2.5-cp311-cp311-win_amd64.whl2.3. PyMol 실행
“Anaconda Prompt”를 실행하고, pymol 환경을 활성화 한다.
conda activate pymolPyMol 명령을 실행한다.
pymolReference
- https://omicx.cc/posts/2021-04-20-install-pymol-windows/
- 설치 관련 대부분의 사항은 이 reference의 내용을 참고했다.