Database is an essential tool for data management and usage. This category is a collection of posts on database.
PostgreSQL is an open source database management software widely used in scientific researches. This post describe basic usage of PostgreSQL. This includes how to install PostgreSQL in Ubuntu (linux) system, create a user and a database, and use Python (psycopg2) interface. 1. Installation Installation in Ubuntu Administrator account PostgreSQL installation create a administrator account, postgres. […]
EAT-Lancet (database) Read More »
Introduction ChEMBL은 생리활성분자(bioactive molecules) 데이터베이스로, 화합물(chemical), 생리활성(bioactivity), 유전정보(genomic data)를 종합한 데이터베이스이다. 2023년 8월 기준, 240만개의 화합물, 160만개의 실험 정보, 1만5천개의 타겟 정보가 저장되어 있다. 웹 인터페이스 이용 1. 접근 데이터베이스는 URL을 통해 웹으로 접근할 수 있다. https://www.ebi.ac.uk/chembl/ 2. Target (단백질)에 결합하는 화합물 검색 ChEMBL에서 특정 target (단백질)에 대한 정보를 검색할 수 있다. 2.1. 키워드를 이용함
MySQL 설치와 초기 설정 방법을 설명한다. 여기서 설명하는 내용은 과학 계산을 위해 간단히 사용하기 위한 MySQL 설치 방법이다. (*) Command line 명령어 (bash shell)과 SQL 명령어를 구분한다. MySQL installation 설치는 아래의 명령어를 이용하여 진행할 수 있다 (Ubuntu 기준). 설치를 위해서는 관리자 권한 (sudo)이 필요하다.. MySQL configuration MySQL 서버 관리를 위해 관리자를 생성하는 과정을 설명한다. 특히,
MySQL installation and configuration Read More »
