Metagenomics

Manifest file based on: https://docs.qiime2.org/2022.2/tutorials/importing/ Collect files into QIIME2 artifact Trim primers Denoising with DADA2 Build phylogenetic trees Rarefaction Alpha-diversity Beta-diversity Principal coordinate analysis Taxonomy annotation LEfSe analysis Input: tab-delimited numeric features, class vector, (optionally the subclass and subject vectors)

Introduction (기본개념) Amplicon sequencing은 PCR을 이용해 증폭한 DNA인 amplicon의 서열을 결정하는 실험이다. 이 방법은 다양한 미생물이 섞여 있는 미생물 균총에 어떤 미생물이 존재하는지, 그리고 그 상대적인 양은 얼마인지 측정하기 위해 주로 이용된다. 세균은 그 종류에 따라 서로 다른 16S rRNA 유전자 서열을 지니고 있으며, 동시에 16S rRNA의 일부분은 매우 잘 보존된다는 특성을 활용한 방법이다. 매우

Taxonomy annotation 소개 미생물의 유전자는 진화 과정을 통해 끊임 없이 변화한다. 동시에, 선조의 유전 정보 혹은 서열은 후대로 이어진다. 진화적으로 근연 관계에 있는 미생물은 비슷한 유전자 서열을 가지고 있으며, 역으로 유전자 서열을 이용하여 미생물의 계통을 예측할 수 있다. rRNA는 모든 미생물이 가진 유전자로, 이 유전자의 서열을 이용해 미생물의 taxon(분류군)을 유추할 수 있다. 이러한 예측을 위해서는