Introduction
ChEMBL은 생리활성분자(bioactive molecules) 데이터베이스로, 화합물(chemical), 생리활성(bioactivity), 유전정보(genomic data)를 종합한 데이터베이스이다. 2023년 8월 기준, 240만개의 화합물, 160만개의 실험 정보, 1만5천개의 타겟 정보가 저장되어 있다.
웹 인터페이스 이용
1. 접근
데이터베이스는 URL을 통해 웹으로 접근할 수 있다.
2. Target (단백질)에 결합하는 화합물 검색
ChEMBL에서 특정 target (단백질)에 대한 정보를 검색할 수 있다.
2.1. 키워드를 이용함 검색
예를 들어 cycline-dependent kinase 9(CDK9)에 대한 정보를 찾기 위해서는 CDK9을 이용해 검색할 수 있다. 검색 결과 데이터베이스의 데이터 중 CDK9이라는 키워드를 지닌 데이터가 출력된다. 특정 target (단백질)에 대한 정보를 얻기 위해서는 Targets 탭을 클릭해야 한다. 아래 예제에서는 Targets 탭에 10개의 데이터가 표시됨을 알 수 있다.
2.2. 타겟 해당 데이터
Targets탭을 클릭하면, CDK9 키워드를 가진 타겟에 대한 정보가 표시된다. 정보는 테이블 형태로 제공되며, 각 target에 대한 정보가 각 행에 표시된다. 행의 가장 오른쪽에는 이 target과 관련되어 있는 activities에 대한 정보가 바 형태로 요약되어 표시된다. 그리고, 바 위에 마우스를 올리면(아래 그림 붉은색 사각형 강조 부분), 해당 activity에 해당하는 데이터가 몇 개 존재하는지 표시된다.
2.4 Acitivity 데이터 받기
Target의 activity 정보에서 bar를 클릭하면, 해당 activity에 대한 정보가 표시된다. Activity 데이터를 받기 위해서는 먼저 정보를 받을 activity를 선택해야 한다. 전체 activity 데이터를 받기 위해서는 화면 중앙의 Select All 링크를 클릭한다 (그림 중앙 붉은 사각형). 다운로드할 activity를 선택한 후에는 CSV 혹은 TSV 버튼을 클릭하여 해당 포멧의 파일로 결과를 받는다 (그림 오른쪽 붉은 사각형).
Database download
데이터베이스의 모든 데이터를 다운로드할 수 있다. 다음 URL에서 데이터베이스 전체 다운로드와 관련 정보를 찾을 수 있다.
https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/downloads
Version
데이터베이스는 지속적으로 업데이트 되고 있으며, 데이터베이스를 활용할 때는 어떤 버전의 데이터베이스를 사용했는지 표기해야 한다. 2023년 8월 기준으로 2023년 5월 생성된 ChEMBL33가 가장 최신 버전이다. 위 URL에서 이전 데이터베이스에 대한 DOI를 제공하여, 이전 버전의 ChEMBL 데이터를 이용한 분석도 가능하다.